基于cat12和SPM12进行VBMSBM数据分析笔记1——数据预处理

前言

今年是小编步入研究生生活的第一年，研究方向待定，但主要以磁共振成像为主，以后会不断地总结这方面的知识，涉及MRI，数据分析基础方法理论，软件操作教程，文献阅读笔记总结等等，用来记录我的研究生三年学习过程。文章编写尽量保证简洁明了，通俗易懂，本就是小白，也能体会小白的痛。不过这也要谢谢一个人手动@小白（网名），他总是不断提醒我要把自己所学的写下来，讲出来才能真正的做到输入和输出，查漏补缺，因此他给我推荐了CSDN这个平台来记录笔记。而用cat12软件学习VBM数据分析是我即将面临的第一个数据分析的训练，整个笔记都是一边操作一遍记录，如有错误之处，还望各位专业人士指出改正，有任何疑问皆可留言。

一、cat12简介

Matlab的CAT12工具箱和SPM工具箱目前广泛用于各种脑部疾病的VBM分析，可以处理多种的structural MRI数据。

二、环境配置

系统：Windows 10专业版
软件运行平台：Matlab2018a
所需工具包：

SPM12（下载安装教程）
cat12（下载安装教程）
MRIcro——用于查看xxx.nii格式文件（下载安装教程）

三、数据预处理过程

结构像数据预处理流程图如下：
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1.数据准备

被试测试图像均为大脑结构像中的T1像，文件格式为sub-xxx.nii，其文件内容一定是可用MRIcron软件进行查看，否则将会导致程序运行错误。并将所有被试图像（sub-xxx.nii）全部放置在同一个文件夹下。
注意：一定要保证文件格式为.nii格式，否则cat12无法读取数据。文件格式的转换小编就不在此赘述了，如有需要小编会更另一篇笔记。

2.组织分割（segment）

步骤：运行Matlab2018a，在命令框中输入：spm敲回车，调用spm工具包
命令框中会出现以下内容：
回车之后命令框显示
命令执行之后会弹出以下三个窗口，主要以SPM12为主：
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在SPM for functional MRI部分找到Toolbox，下拉找到cat12，点击打开cat12工具包，之后便会出现工具包cat12的操作界面，如下图：

点击segment，进入如下界面：

双击Volumes，进入如下界面，按照图中所示操作，选择测试数据的T1像，选中数据之后再点击done，回到segment界面，选择好volumes之后下面根据自己的实验需要更改下方参数或者对应功能选项，而且每个参数或者功能选项界面上都有详细介绍，此处由于小编只是为了测试训练，故全部选择默认选项。
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注意：模板(Affine Regularisation）要看数据样本来源选择对应欧洲模板(European brains)或者亚洲（East Asian brains），这是根据人种不同，大脑内部结构也会有所差异。

选定完数据和参数功能，即可点击三角形run，紧接着Matlab命令框中会有一系列运行之后的详细过程，以及会有另外几个Command Window框（运行数据的核，进行多组数据分析时可以通过核来分组并行计算，缩短数据运行时间，至于开几个核可以在上一步选择，这里选用默认四个核，这个框不能关闭，否则可能会导致程序中断）弹出记载着运行过程和时间，不需要做任何处理，等待即可
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最后在存储原始T1数据文件夹中会出现三个文件夹——mri（分割之后的图像）、report（数据分割过程及结果存）、label。此时分割并没有完成哦！！！（这是小编犯的第一个错误，所以不能着急哦）

PS:至于小编此处问什么会多出现一个surf文件夹，是由于小编的Surface默认选项选了yes，某位小伙伴跑数据时就只有三个，是他告诉我在这里默认是yes，他的是no，多谢提醒。不过多了也不用在意，只是多分割了一种surface皮层数据，这个是当你做皮层统计分析SBM时需要提取surface皮层指标时会用到，这个在小编的后续教程SBM统计分析中会讲到哦。

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分割完成的标志是在mri文件夹中只剩下四种命名的.nii文件——mwp1xxx.nii（标准化灰质体积图像）、mwp2xxx.nii（标准化白质体积图像）、p0xxx.nii（原始图像）、wmxxx.nii（剥脑&标准化T1图），如下图所示：
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注意：由于磁共振图像数据信息量比较大，用cat12做分割处理当数据量比较大时要花费大量时间，所以不要急于去关闭所有操作界面，等待完成标志出现。分割完成之后就可以去查看分割图像了，可以直接用MRIcro查看。下图是同一个被试的灰质和白质分割结果：
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3.数据预处理——质量检测QC（data quality check）

分割结束之后，我们需要对数据进行质量检测，为下一步统计分析做准备。关闭分割界面，回到cat12操作界面，下拉 Data Quality，选择Slice Display
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进入界面可以选择四个测试样本的灰质mwp1-或白质mwp2-的.nii文件，点击proportional scaling选择yes
点击运行之后就可以在Matlab自动弹出的figure窗中查看分割结果，如下图所示（灰质分割结果）：

也可以看生成的report文件夹中的pdf文件，如下图例所示：
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4.体积数据文件获取

回到cat12操作主界面，在statistical analysis部分，点击Get TIV，如图所示：
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双击XML files进入选择.xml格式的数据（数据储存在report文件夹中）
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接下来在Save values处选择你要获取的数据——仅需全脑体积或者全脑及各组织体积，Output file是体积保存的文件名称，可以通过点击Specify修改，选定之后点击run就可以了，在Matlab命令框中会显示数据结果，同时也会保存成文件。
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至此，VBM的预处理工作基本完成，最重要的步骤就是分割，分割是一定要处理好，否则接下来所有的数据处理过程都可能出现问题。计算结果如下图所示：

最后，接下来就是做组间相关分析，请看下一篇。